Stephanie Aeffner jest posłanką do niemieckiego Bundestagu z ramienia grupy parlamentarnej Sojusz 90/Zieloni. Jest pełnoprawną członkinią Komisji Pracy i Spraw Socjalnych oraz sprawozdawczynią jej grupy parlamentarnej ds. polityki niepełnosprawności i opieki społecznej. Jest zastępczą członkinią trzech komisji ds. zdrowia, prawa, edukacji, badań i oceny technologii. W 2016 roku została powołana przez Winfrieda Kretschmanna na stanowisko pełnomocniczki ds. osób z niepełnosprawnościami w Badenii-Wirtembergii. W charakterze honorowym przez wiele lat działała w niemieckiej Partii Zielonych i ruchu samostanowienia. W 2021 weszła do Bundestagu z okręgu Pforzheim i Enzkreis.