Bartosz Matyja zajmuje się społeczeństwami Europy Środkowo-Wschodniej, w szczególności w perspektywie socjohistorycznej. Jego prace koncentrują się na analizie socjalistycznej modernizacji w regionie, którą bada poprzez odkrywanie źródeł współczesnych wyobrażeń społecznych. W swoich badaniach inspiruje się perspektywami zależnościowymi oraz analizami klasowymi.