Zanim pestycydy zostaną wprowadzone do obrotu, przechodzą przez proces zatwierdzania, w którym bada się ich wpływ na zdrowie ludzi i na środowisko. Jednak ich pośredni wpływ na łańcuchy pokarmowe i różnorodność biologiczną jest rzadko brany pod uwagę, podobnie jak skutki działania mieszanek pestycydów, które są trudne do przewidzenia.
Zatwierdzanie pestycydów w UE odbywa się w dwu- etapowym procesie nadzorowanym przez Europejski Urząd ds. Bezpieczeństwa Żywności (EFSA). Na pierwszym etapie substancje aktywne są zatwierdzane na poziomie europejskim, z podziałem na różne obszary geograficzne. EFSA wyróżnia trzy strefy europejskie o porównywalnych warunkach ekologicznych i klimatycznych – północną, środkową i południową. Na drugim etapie pestycydy zawierające wspomniane substancje aktywne są zatwierdzane przez poszczególne państwa członkowskie UE. Producenci pestycydów przedstawiają informacje naukowe i badania, dostarczające danych niezbędnych do dokonania oceny zagrożeń dla środowiska i zdrowia. Następnie EFSA zleca państwom członkowskim – wyznaczonym jako państwa-sprawozdawcy – dokonanie przeglądu tej dokumentacji. Sprawozdawca przygotowuje projekt raportu oceniającego zagrożenia dla ludzi i środowiska, który EFSA poddaje weryfikacji wraz z państwami członkowskimi. Jeżeli w wyniku tego procesu okaże się, że nie należy obawiać się wystąpienia nie- dopuszczalnych skutków dla środowiska i zdrowia ludzkie- go, EFSA zatwierdza produkt.
W trakcie procesu weryfikacji EFSA współpracuje z Ko- misją Europejską i państwami członkowskimi, a także prze- prowadza konsultacje społeczne, które obejmują ankiety dla zainteresowanych stron, mające na celu zebranie opinii interesariuszy i władz państw członkowskich. EFSA przygotowuje ostateczny projekt raportu, a komitet złożony z przedstawi- cieli państw członkowskich głosuje nad projektem decyzji. Decyzję o zatwierdzeniu substancji podejmuje Komisja Europejska w porozumieniu z państwami członkowskimi.
Zatwierdzenie substancji aktywnej przyznawane jest na określony czas, nie dłuższy niż 10 lat. Odnowienie zatwierdzenia wymaga uwzględnienia w procesie decyzyjnym nowych danych. Należy zauważyć, że substancje aktywne, które spełniają niektóre kryteria wyłączenia – są klasyfikowane jako mutagenne, rakotwórcze lub szkodliwe dla rozrodczości i układu hormonalnego – nie powinny zostać zatwierdzone w UE.
Mimo to, chociaż niezależne badania wykazały szkodliwe działanie glifosatu, herbicyd ten został ponownie zatwierdzony przez UE w 2017 r. Po raz pierwszy zatwierdzono go w 2002 r. na mocy nowych przepisów UE dotyczących pestycydów. Wcześniej był on dozwolony tylko w niektórych państwach członkowskich. Ponowną rejestrację glifosatu zaplanowano na 2013 r. Procedura ta wzbudziła powszechne obawy wielu środowisk; Międzynarodowa Agencja Badań nad Rakiem (IARC), która jako część Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) opracowała system kategorii służących do oceny rakotwórczości substancji dla ludzi, sklasyfikowała glifosat jako „prawdopodobnie rakotwórczy” dla ludzi. Jednak jak dotąd tylko Luksemburg zakazał stosowania glifosatu (przyp. red.: decyzję cofnięto w 2023 r.). Głównym powodem różnic w ocenach było to, że IARC wykorzystała do swojej ewaluacji niezależne badania, natomiast krajowe organy regulacyjne opierały się na badaniach producentów. Ponadto IARC oceniała produkty zawierające glifosat oraz ekspozycję na nie w związku z wykonywanym zawodem, podczas gdy organy krajowe brały pod uwagę przeważnie tylko czyste substancje aktywne, skutki narażenia na te substancje spożywane wraz z żywnością oraz ryzyko dla populacji ogólnej. W ramach kompromisu zatwierdzenie glifosatu zostało udzielone jedynie na kolejne 5 lat zamiast na 10. Sojusz producentów glifosatu o nazwie Glyphosate Renewal Group (GRG) złożył do EFSA wniosek o zatwierdzenie herbicydu do 2022 r. wraz z dokumentacją obejmującą 180 tys. stron. Do jego rozpatrzenia Komisja powołała grupę ds. oceny glifosatu (AGG), w skład której weszły: Francja, Węgry,Holandia i Szwecja (przyp. red.: glifosat został wówczas zatwierdzony do grudnia 2023 r.).
Chociaż pestycydy muszą spełniać surowe kryteria, aby mogły zostać dopuszczone w UE, obecna ocena wpływu na środowisko nie wydaje się zapobiegać zatwierdzaniu szkodliwych dla środowiska pestycydów. Wytyczne EFSA skupiają się na ocenie oddziaływania substancji aktywnych z uwzględnieniem gatunków ptaków, ssaków, pszczół miodnych, dzikich pszczół czy dżdżownic. Ekolodzy i organizacje społeczeństwa obywatelskiego domagają się uwzględnienia także wpływu na grzyby, płazy, nietoperze, gady czy dzikie rośliny. Interakcje pomiędzy organizmami i pośrednie efekty działania pestycydów również nie są uwzględniane w procesie zatwierdzania. Inny ważny aspekt niebrany pod uwagę w ocenie ryzyka środowiskowego stanowi fakt, że większość upraw rolnych jest poddana działaniu nie jednego, ale wielu różnych pestycydów w każdym sezonie wegetacji. Efekty środowiskowe tych mieszanek są nadal w dużej mierze nieznane – pojawia się coraz więcej dowodów na to, że są one silniejsze niż efekty działania pojedynczych substancji. Z uwagi na tak zasadnicze braki w badaniach pestycydy nie mogą być uznane za bezpieczne dla środowiska.