Zbyt mało uwagi poświęca się pestycydom gromadzącym się w glebie, gdzie – czasami przez dziesięciolecia – wywierają bezpośredni i pośredni niekorzystny wpływ na żyjące tam organizmy.
W zdrowych glebach można zaobserwować bardzo wysoki poziom różnorodności biologicznej. Gleba jest domem dla ¼ wszystkich znanych gatunków na Ziemi. Życie w niej jest tak bogate, że łopata zdrowej gleby zawiera więcej żywych organizmów niż jest ludzi na Ziemi. Dziesiątki tysięcy gatunków bezkręgowców, bakterii i grzybów nieustannie filtrują naszą wodę, odzyskują składniki pokarmowe, przeciwdziałają chorobom przenoszonym przez glebę, budują warstwę próchniczną, wychwytują gazy cieplarniane i regulują klimat. Gleba stanowi więc nie tylko podłoże, na którym uprawiamy żywność, ale także nieodnawialny zasób, który należy traktować z dbałością.
Celem większości pestycydów jest toksyczne działanie na organizmy, dlatego niepokoi fakt, że prawie wszystkich gruntów rolnych na świecie jest zanieczyszczonych co naj- mniej jedną substancją aktywną pestycydów. W Europie analizy gleby wykazały, że ponad 80% z 317 przebadanych gleb rolnych zawierało pozostałości pestycydów. Pestycydy, które wykrywano najczęściej i w największym stężeniu, to: od dawna zakazany środek owadobójczy DDT, herbicyd glifosat i produkt jego rozkładu AMPA oraz fungicydy o szerokim spektrum działania, takie jak boskalid, epoksykonazol i tebukonazol.
Pozostałości pestycydów w glebie oddziałują na żyjące w niej organizmy. Dowodzą tego wnioski z ponad 2800 badań opisanych w prawie 400 publikacjach. W 70% tych analiz ustalono, że pestycydy szkodzą organizmom, które są niezbędne do utrzymania zdrowych gleb. Zaobserwowano to na wszystkich poziomach: u bakterii, grzybów i w faunie glebowej. Pozostałości pestycydów w glebie są również kojarzone ze spadkiem liczebności dżdżownic, mikroorganizmów i symbiotycznych grzybów mikoryzowych, które nie tylko dostarczają roślinom składników pokarmowych, ale także utrzymują je w zdrowiu.
Badania ekotoksykologiczne nad pestycydami zawsze koncentrowały się na konkretnych skutkach, na przykład na tym, jak insektycydy wpływają na pożyteczne owady żyjące w glebie lub jak fungicydy wpływają na występujące w niej grzyby. Jednak zazwyczaj wywierają one negatywny wpływ na szeroki zakres organizmów, które nie są celem ich działania. Przykład stanowi glifosat – najczęściej stosowany herbicyd na świecie. Wpływa on na życie w glebie, bezpośrednio i pośrednio. Stosowanie glifosatu może zaszkodzić bakteriom glebowym i symbiozie mikoryzowej z korzenia- mi winorośli. Nawet 11 miesięcy po zastosowaniu herbicyd ten może nadal wpływać na skład substancji pokarmowych w całej roślinie winorośli. Herbicydy zawierające glifosat hamują aktywność i rozmnażanie się dżdżownic i mogą wypychać drobne skoczogonki z gleby na powierzchnię, czyniąc je bardziej podatnymi na atak drapieżników. Oddziaływanie herbicydów na organizmy żyjące w glebie może dodatkowo upośledzać retencję i prowadzić do większego zanieczyszczenia zbiorników wodnych glifosatem.
Wykazano, że trwałe pozostałości glifosatu w glebie powodują zmianę regulacji systemów obrony roślin przed chorobami i grzybami. Pozostałości glifosatu w paszy dla zwierząt mogą przedostawać się do obornika i wpływać na wzrost nawożonych nim upraw w następnym roku. Pestycydy zawierające mikroplastiki również przyczyniają się do zanieczyszczenia gleb. Wykorzystanie agrochemikaliów powlekanych tworzywami sztucznymi rośnie, a producenci promują funkcję kontrolowanego uwalniania substancji czynnej. Według raportu Europejskiej Agencji Chemikaliów (ECHA) z 2019 r. mikrodrobiny plastiku celowo dodawane do nawozów, pestycydów i otoczek nasion stanowią prawie połowę z ok. 51,5 tys. ton mikrodrobin plastiku wykorzystywanych każdego roku w Europejskim Obszarze Gospodarczym.
Eksperci i ekspertki ds. środowiska są zaniepokojeni wieloma negatywnymi skutkami, jakie pestycydy wywierają na organizmy żyjące w glebie. Wzywają oni do większego uwzględniania kwestii różnorodności biologicznej i zdrowia gleby przy ocenie zagrożeń środowiskowych związanych z pestycydami. Oprócz zwykłych organizmów żyjących w glebie wiele innych gatunków również spędza w niej część swojego cyklu życiowego, np. chrząszcze glebowe, pszczoły gniazdujące na ziemi czy płazy. Zanieczyszczenie gleby pestycydami należy zatem rozpatrywać w kontekście drastycznego spadku różnorodności biologicznej w ogóle.